Завершальним етапом процесу купівлі-продажу є оплата товару. У найпростішому випадку оплата в ЕК, за аналогією з покупками за каталогом, здійснюється за допомогою такого «архаїчного» засобу, як поштовий переказ. Сьогодні в Україні цей спосіб використовується найбільш часто, хоча він неоперативний і незручний. Спосіб, який можна визнати адекватним вимогам електронного бізнесу, передбачає виконання всіх необхідних операцій через персональний комп’ютер.
               Існуючі засоби розрахунків в Інтернет можна поділити на кілька категорій.
               Першу категорію становлять так звані сурогатні засоби — цифрові купони та жетони. Клієнт купує за готівку або за безготівковим розрахунком у банку певну унікальну послідовність символів, для якої банк гарантує нетривіальність алгоритму генерування, наприклад, «NetCash US$ 0.05 B362646R725776X». Продавець приймає цю послідовність символів як оплату, а згодом передає до банку в обмін на ту ж грошову суму за відрахуванням комісійних. Правовий статус подібних операцій залишається розпливчастим, як і статус емітентів подібних засобів.
В Україні набув поширення такий вид сурогатних платіжних засобів, як «Інтернет-картки» (віртуальні картки). Віртуальна пластикова картка подібна до звичайної — клієнтові відкривається цільовий картковий рахунок, його картці присвоюється номер відповідно до стандартів платіжної системи (наприклад, VISA), проте картка у звичайному розумінні не видається, що означає меншу вартість її відкриття та обслуговування.
               Більш поширеним у світі є другий напрямок — використання в ЕК таких традиційних платіжно-розрахункових засобів, як чеки та банківські пластикові картки. Використання різних типів карток, по суті, аналогічне, хоча смарткартки мають більші можливості — за допомогою мікросхеми, розміщеної у картці, виконуються всі необхідні обчислення.
              Платіжні системи на основі пластикових карток також відрізняються за рівнем безпеки операцій та необхідним програмним забезпеченням. Якщо клієнт передає відомості про кредитну картку безпосередньо продавцеві, то він тим самим покладається на порядність останнього. При цьому шифрування забезпечує захист від перехоплення інформації, але не гарантує, що вона надійде саме до продавця (а не до того, хто видає себе за продавця). Інший підхід започаткувала компанія CyberCash, яка пропонує спеціальне програмне забезпечення, призначене тільки для організації безпечного передавання інформації про кредитну картку, — «електронний гаманець».                         Реальні розрахунки при цьому виконуються процесинговими компаніями. Недоліки цього підходу такі:
- необхідність перевірки кредитоспроможності клієнта та авторизації картки, що підвищує витрати на проведення операцій, а отже, цей спосіб є непідхожим для так званих мікроплатежів — платежів на невеликі суми;
- відсутність анонімності;
- обмежена кількість магазинів, які приймають кредитні картки (з часом цей недолік втрачає силу);
- неприйнятність цього способу для клієнта, який не має кредитної картки і не планує активно нею користуватись; до того ж у значної кількості людей зберігається психологічний бар’єр що-до передавання даних картки по Мережі.
              На користь електронних гаманців свідчить існування стандартів їх застосування, найбільш відомий серед яких стандарт SET. SET дає можливість виконувати авторизацію за допомогою цифрових підписів і водночас захищає покупців, забезпечуючи механізм передавання номера картки для перевірки безпосередньо емітентові, минаючи проміжні ланки.
               Якщо платіжні системи з використанням платіжних карток найчастіше є кредитними , то системи застосування електронних еквівалентів паперових чеків є дебетовими — під час відкриття рахунка клієнтові видається електронний документ, який містить його ім’я, назву фінансової структури, номер рахунка, ім’я (назву) одержувача платежу та суму. Основна частина інформації не кодується. Електронний чек повинен мати електронний підпис власника рахунка, а перед його оплатою він підписується й одержувачем платежу. Розрахунки електронними чеками стають невід’ємною частиною послуг домашнього банківського обслуговування, що пропонуються банками всього світу, хоча в таких системах поки не виключена можливість виписування чека без забезпечення.
              Нарешті, третю категорію платіжних засобів складають «електронні гроші» («цифрові гроші», «цифрова готівка») — числа або послідовності символів, які є грошами і можуть використовуватись як такі. Створення електронних грошей вимагає вирішення суперечливості — з одного боку, гроші є штучними знаками з унікальною нумерацією і реалізуються зі специфічних матеріалів, а з іншого — послідовність символів є інформацією, що її можна скопіювати, так що буде неможливо відрізнити оригінал від копії. Вирішенням проблеми є поєднання інформації з апаратно-програмним комплексом (спосіб фізичної прив’язки), наприклад, з мікропроцесорною карткарткою (Mondex), або із суто програмними засобами захисту (Digicash, Netcash, CyberCoin) — спосіб логічної прив’язки.
               В основу технології цифрових грошей покладено методи криптографічного захисту з відкритими ключами та сліпого підпису. Емітент застосовує кілька пар ключів: одна з них аутентифікує його, а інші — певні номінали цифрових валют. Цифрові гроші, куплені в емітента, при оплаті передаються продавцеві, який, у свою чергу пересилає їх у банк для перевірки та погашення . Банк також стежить за тим, щоб кожна «монета» використовувалась клієнтом тільки один раз.
               У принципі емітентом цифрових грошей може виступати як банк, так і продавець або посередник. Проблема полягає в тому, що поки не реалізовано механізми конвертування цифрових валют — цифрові гроші приймаються лише їхніми емітентами. Також поки що не передбачається конвертування електронних грошей в реальні, але їх приймає все більша кількість електронних магазинів.
              Перевагою систем оплати за допомогою цифрових грошей є їх підхожість для мікроплатежів та анонімність платежів, а недоліками — необхідність попередньої купівлі купюр і неможливість одержання кредиту (системи цифрової готівки є дебетовими за своєю сутністю).
              Системи електронної готівки вважають конкурентом платіжним системам на основі стандарту SET.      Важливим аспектом під час вибору технології є правова неврегульованість систем розрахунків в Інтернет. Для України не менш значущими факторами є неплатоспроможність більшої частини населення, відсутність широкого доступу до Інтернет та безграмотність щодо нових технологій.